Первыми к затонувшей лодке отправили разведчиков-водолазов роты особого назначения (РОН) под руководством капитана III ранга Ивана Васильевича Прохватилова. Водолазы должны были проникнуть внутрь лодки ещё до её подъёма, чтобы завладеть секретными документами. Для этого Прохватилову были переданы изъятые у пленного командира лодки капитан-лейтенанта Вернера-Карла Шмидта ключи от секретных шкафов и сейфа лодки.

Найти лодку удалось на четвёртый день поисков. U-250 лежала на гребне гранитной скалы, на ровном киле с креном 14 градусов на правый борт. Нос и корма зависли над глубокими обрывами. Глубина в месте гибели подлодки составляла около тридцати метров. А предел для лёгкого водолаза того времени – 20 метров. Глубже применяемый в дыхательных аппаратах кислород становился опасен. Но делать было нечего. Прохватилов так описал работу своих водолазов так: «Походят мои хлопцы по дну минут десять и вылетают наверх. У одного кровь носом идет, у другого из ушей, а у третьего полная маска пены. Искусственное дыхание надо делать, откачивать. А тут еще финны из пушек обстреливают. Всё же нашли мы субмарину на дне».

Водолазы закрепили на рубке подлодки деревянный трап в качестве буя. Через открытый и заклиненный рубочный люк первым в лодку проник водолаз Иван Удалов. В течение трёх последующих суток, несмотря на глубины, превышавшие предельно допустимые, в условиях постоянного артобстрела и штормовой погоды, водолазы обследовали лодку. Однако найти документы долгое время не удавалось – несовершенные дыхательные аппараты не позволяли работать в отсеках более 3-4 минут. В некоторые отсеки водолазы вообще не смогли проникнуть. А в тех, которые удалось открыть, они постоянно сталкивались с раздувшимися трупами немецких подводников. Те шевелились от движения воды и порой соприкасались своими лицами с масками водолазов.

Наконец разведчик Сергей Непомнящий настоял на крайне опасном спуске в затонувшую лодку в тяжёлом вентилируемом скафандре. Пригнали бот с компрессором, телефоном и шлангами. Спустившись под воду, Непомнящий с большим трудом пролез в узкий рубочный люк. Осмотрел центральный пост и увидел разбухшие тела немецких подводников. Стараясь не обращать на них внимания, полез из центрального поста через межотсечный люк в закуток командира.

Спустя час напряжённой работы он передал: «Нашёл пенал с картами. Иду наверх». На боте стали подтягивать шланги, когда водолаз вдруг заорал не своим голосом: «Выручайте, чёртовы покойники держат!» На помощь Непомнящему спустились легкие водолазы. Они помогли ему выбраться из подлодки и подтащили к борту.

Слегка заикающийся разведчик рассказал о своих подводных злоключениях: «Отдраиваю отсек, а оттуда покойник за покойником выплывают. Белые, разбухшие... Ко мне в иллюминатор заглядывают. Чуть фонарик из рук не выронил. Но стерпел - не обращаю на них внимания. В каюты капитана и штурмана пролез. Какие были карты снял и пенал взял. Возвращаюсь обратно, а у трапа утопленники скопились. На волю хотят всплыть, вверх тянутся. Видно, течение получилось. Раздвинул я их и скорей на трап. Но не тут-то было! Чую, держат: за шланги цепляются, на плечи давят. От этого в глазах искры и ноги ослабли. Видно, с перепугу забыл воздух стравить: костюм раздуло. Ну, ни туда, ни сюда! Пропал, думаю, и вот здесь завопил во все лёгкие».